Na época 1988/89 os clubes do Alentejo Litoral presentes nos Campeonatos Nacionais de Futebol foram:
2ª Divisão
- União Sport Clube Santiago Cacém - Zona Sul - 15ºClassificado
3ª Divisão
- Vasco da Gama Atlético Clube - Série F - 13ºClassificado
